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系统与进化植物学研究中心的历史可追溯到 1928年在北平成立的静生生物调查研究所植物部和1929年成立的国立北平研究院植物研究所。二者于1950年合并成立中国科学院植物分类研究所。1953年经中国科学院批准，改名为中国科学院植物研究所后，成立了植物分类研究室。1959年由徐仁研究员（后为中科院院士）创建了古植物学研究室。1987年在原分类室的基础上，经中国科学院批准，成立了系统与进化植物学开放研究实验室，并于2001年改名为“系统与进化植物学重点实验室”。2004年进入国家重点实验室行列(代码:2004DA173024)。根据植物研究所的学科布局和调整，从1998年起，由系统与进化植物学重点实验室、植物分类研究室和古植物学研究室共同组建成了系统与进化植物学研究中心。

目前，本中心现有固定科技人员56人，其中，中国科学院院士2人，研究员19人，博士生导师9人，副研究员9人。本中心共有以下9个创新研究组和1个责任研究组：基因、染色体和基因组进化创新研究组居群生物学和进化生物学创新研究组植物系统发育重建创新研究组物种多样性及其形成机制创新研究组种子植物分类创新研究组植被演替和环境演变创新研究组演化植物学创新研究组植物分子生物地理学创新研究组进化与生态的基因组学创新研究组植物系统发生与进化发育责任研究组.

本中心曾主持一系列国家和部委（科学院）的重要项目，目前正在主持的项目有：国家重点基础研究发展规划（973）项目（3000万元）1项；国家自然科学基金委创新群体科学基金（360万元）1项；国家自然科学基金委“九五”重点（100万）和“十五” 重点项目（105万）各1项；国家杰出青年科学基金（80万元）1项和海外杰出人才基金（80万元）2项；中国科学院“百人计划”项目（200万元）1项；中国科学院“十五”重要方向性项目（200万元及150万元）2项；中国科学院专项基金（60万元）1项。此外，正在主持的项目还有“863”专题、国家自然科学基金重大专题和面上基金等项目40余项，国际合作项目40余项等等。